日本からマレーシアのペナンへ行く飛行機はいくつかの会社が運行しています。例えば羽田から飛ぶエアアジア。成田からもエアアジアは飛んでいます。
成田からですとマレーシア航空、ANA、羽田からだとシンガポール航空もあります。沢山の選択肢があって、どこを使うかで料金もかなり変わってきます。便利な時間帯、便利な空港だと割高になりますし、便利な時間帯でも成田発だと安いこともあります。私は成田は少し遠くて不便なので羽田をいつも利用しています。

羽田発→クアラルンプール行きのエアアジアだと夜の23:45発があります。
クアラルンプール着は翌日の朝6:30ぐらいなのでちょうど深夜に眠りながらの移動ができるので楽です。クアラルンプール到着後に、ペナン行きに乗り換えます。同じエアアジアの便が頻繁に運行しているので便利です。事前にチケットを買うときに羽田→KL→ペナンとまとめてチケットを買っておけば、フライスル―が使えますのでクアラルンプール空港で預け荷物を受け取らなくていいのが助かります。荷物を預けっぱなしでいいかKLで一度荷物を受けとらなくてはいけないかの違いはとても大きく疲れますので、フライスル―がおすすめです。
この羽田発の便だと、地方から羽田に国内線で行き、国際線に乗り換えるということもできますよ。羽田発のエアアジアは深夜23:45発なので夕方に地方から飛行機に乗って羽田到着でも間に合いますね。
ひとつ付け加えておくとしたら、エアアジアの預け荷物の受け取りチェックインは出発時間の3時間前から1時間前までなので少し余裕をもって羽田到着にしたほうが安心です。